Во всех великих странах люди, обладающие модифицированным геномом, пропадают! Главы стран начинают подозревать Страну Огня, т.к. только там не пропал ни один шиноби. Ситуация сильно обостряется, и возможно начало новой мировой Войны Шиноби! Команда Какаши идет по следам пропавших шиноби, которые приводят их к горе Шумисен. В это время шиноби Хируко объявляет от лица Скрытой Деревня Листа всем нациям войну! Хируко нужен пятый геном - Шаринган, которым обладает Хатаке Какаши. Какаши бросает деревню, чтобы остановить Хируко, даже ценой своей жизни. Узнав об этом, Наруто и Сакура вопреки приказу Хокаге покидают деревню вслед за ним. Но что выберет Наруто - жизни жителей деревни или жизнь Какаши-сенсея?